Après des études d'histoire et de géographie, Francis Vallès fréquente l'école des Beaux-Arts de Saint Etienne. Il se lance dans la BD en 1983 en publiant Une Enquête à chaud qui jette un froid dans le magazine Triolo, tout en travaillant pour OKAPI et Je Bouquine dans lequel il adapte un certain nombre d'œuvres telles que Les Trois Mousquetaires ou Oliver Twist. En 1989, il dessine la série Dorian Dombre (éd. Glénat) avec, au scénario José Louis Bocquet. La même année, il retrace les aventures de Jean Louis Etienne dans l'album Le Marcheur Du Pôle (éd. Hachette). En revenant chez Glénat au début des année 90, il se lance dans l’extraordinaire saga Les Maîtres de l'Orge sur un scénario de Van Hamme. Entre 2001 et 2003 il se consacre à la série Tosca, scénarisée par Stephen Desberg. Il poursuivra sa collocation avec Desberg à travers la réalisation de la série Rafales (éd. Le Lombard). A partir de 2009 et ce jusqu’en 2020, il travaille sur la série RANI (éd. Le Lombard) entouré une nouvelle fois de Van Hamme et d'Alcante au scénario. Actuellement, il publie le 1er tome de la série Les damnés de l'or brun aux éd. Glénat sur un scénario original d’Alcante et de Fabien Rodhai.