Juanjo Guarnido est né à Grenade, en Espagne, en 1967. Il passe son enfance dans le village de Salobrena, au bord de la Méditerranée, à dessiner. Plus tard, sa famille s'installe à Grenade. C'est là qu'il étudie les Beaux-Arts et obtient son diplôme. Par la suite, il participe à la réalisation de plusieurs fanzines grenadins. Durant ces années, il publie également de nombreuses illustrations chez Cómics Forum (un label de Planeta DeAgostini) pour l'édition espagnole de Marvel, ce qui lui permet de toucher un public espagnol assez large. Il prend ensuite contact avec le milieu du dessin animé et s'installe à Madrid où, pendant trois ans, il travaille sur plusieurs séries télé pour les studios d'animation Lapiz Azul. C'est lors de son premier jour chez Lapiz Azul qu'il rencontre Juan Díaz Canalès, qui deviendra son scénariste sur Blacksad. En 1993, il déménage à Paris pour intégrer les studios Walt Disney à Montreuil, où il travaille comme animateur jusqu'à la fermeture des bureaux. Adepte depuis toujours de la BD européenne, il entreprend patiemment ce qui sera la longue fabrication de son premier album, le tome 1 de "Blacksad" (Dargaud), "Quelque part entre les ombres". Depuis, même s'il mène de nouveaux projets, comme "Sorcelleries" (Dargaud), avec Teresa Valero, ou "Voyageur" (Glénat, projet collectif), il se consacre principalement à "Blacksad", une série devenue incontournable dans le monde de la bande dessinée. Par ailleurs, il a illustré la pochette du dernier album du groupe de hard-rock Freak Kitchen, 'Cooking with pagans" (2014). Il a également réalisé le clip de leur morceau 'Freak of the week'.