Les « Trois Initiés » qui signent Le Kybalion ont choisi de rester anonymes. Le résultat en est bien sûr que de nombreuses spéculations circulent sur l'identité du ou des véritables auteurs du livre. La supposition la plus répandue est que Le Kybalion a été écrit par William Walker Atkinson, seul ou avec d'autres plumes. Atkinson était connu pour faire usage de nombreux pseudonymes, et pour auto-produire ses travaux. Il était aussi propriétaire de la « Yogi Publication Society of Chicago », qui publia Le Kybalion sur son sol natal. Parmi les premières publication d'Atkinson sous pseudonymes ou anonymes étaient une série de livres intitulée The Arcane Teachings, avec lequel Le Kybalion trouve de nombreuses similitudes. Le Kybalion présente sept « principes hermétiques » quand The Arcane Teachings examine sept « lois des arcanes », Le Kybalion prétend être l'éclairage d'un ancien texte hermétique du même nom mais jamais publié, The Arcane Teachings prétend révéler la sagesse d'un ancien parchemin d'aphorismes occultes, et les deux livres décrivent trois « grands plans » de réalité qui sont plus loin divisé en sept plans inférieurs. Les deux livres décrivent trois des plans inférieurs comme ayant le même rapport avec les quatre autres plans que les touches noires avec les touches blanches d'un piano, et habités par des esprits élémentaires. Les deux livres décrivent le processus de l'« alchimie mentale » en détail, et quasiment dans un consensus parfait. Il y a encore bien d'autres similitudes, et il y a fort à parier que The Arcane Teachings fut, pour Atkinson, le premier jet de ce qui serait plus tard Le Kybalion. Une théorie fréquente est qu'Atkinson aurait coécrit le livre avec Paul Foster Case et Michael Whitty. Cette théorie est souvent défendue par les membres du Builders of the Adytum (B.O.T.A.), école de mystère fondée plus tard par Case, même si le groupe ne le soutient pas publiquement. En fait, cette histoire semble avoir débuté avec un groupe séparatiste du B.O.T.A., La Fraternité de la Lumière Cachée. Beaucoup d'encre a également coulé sur le fait que Paul Foster Case ait été franc-maçon et que l'éditeur du Kybalion, la Yogi Publication Society, a inscrit pour adresse : « Temple Maçonnique, Chicago, IL » sur la deuxième de couverture.